Город Эфес был впервые основан на берегу залива в месте, где река Кючюк Мендерес впадает в море, и на склонах горы Пион (гора Панаир). Когда почва, принесенная рекой, заполнила залив, город был перенесен на юго-запад от реки, на склоны горы Корессос (гора юльбюль). В античную эпоху Эфес находился на западе большого торогового пути, проходящего через долину Кючюк Мендерес и протянувшегося к Азии, в его начальной точке. Самая древняя информация об Эфесе относится к середине 7 в. до н.э. Соседние киммерийцы, захватившие Магнезию, попытались оккупировать и Эфес, но не смогли. По записям Страбона, эфессцы переселились в долину и начали жить там под управлением персидского сатрапа Цироса II. В первые годы ионийского мятежа, произошедшего в 499 – 493 г.г. до н.э., город использовался в качестве базы для отражения атак персов против Сардеса. Эфессцы поубивали спасавшихся от войны Ладе кионцев.

Милет и Киос, портовые города-лидеры ионийского восстания, были крупнейшими соперниками Эфеса в торговле. Мир с персами длился около 50 лет. Ксеркс ограбил все храмы на обратном пути и победил Грецию в 478 г. до н.э. Но он не прикоснулся к Храму Артемиды в Эфесе. Эфес, с 454 г. до н.э. находившийся под протекторатом Афин, поддерживал Спарту во время Пелопонесских войн в 431 – 404 г.г. до н.э. и участвовал в восстании против Афин, начавшемся в 412 г. до н.э. Царь спартанцев с 403 г. до н.э. сделал город базой против персидских угроз.

В 394 г. до н.э. эфессцы участвовали во флоте Конона, созданного в целях противостояния спартанскому флоту. Анталькид вернул город персам, но он был вновь захвачен спартанцами в 387 г. до н.э. За этим последовала диктатура Сирфакса и его семьи. При захвате города Александром Македонским в 334 г. до н.э. Сирфакс был убит, и начался период расцвета. После смерти Александра Македонского один из его генералов, Лисимах, стал лидером и перенес город в долину между горами Корессос и Пион в период с 286 по 281 г.г. до н.э. Он занял место, созвав людей из Лебедоса и Колофона. Несмотря на то, что город был переименован в честь его жены Арсины, это имя вскоре было забыто. В элленистический период Эфес пережил славные дни.

Победив сирийского царя Антиоха в 189 г. до н.э., римляне отдали Эфес Пергамскому Царству. Эфес перешел в управление Рима по желанию пергамского царя Аттала после его смерти (133 г. до н.э.). Города Западной Анатолии, поддавшись провокациям понтийского царя Митридата II, восстали против Рима. Нападавшие на римлян эфессцы убили даже тех, кто скрывался в Храме Артемиды. Сулла жестоко подавил восстание и в наказание обложил город высокими налогами. Во время правления Августа Эфес был важнейшей провинцией Рима.

Строительные работы в Эфесе начались с серии государственных зданий, таких как Триумфальная арка, построенная в 3 г. до н.э. и акведука, построенного в 4 – 14 г.г. н.э., которые сделали Эфес крупнейшим и важнейшим городом Римской Империи в Анатолии. В это время христианство стремительно распространялось в городе.

Римляне, будучи противниками доктрин Св. Павла, выступили с протестом против него в городском театре. Дом, в котором Дева Мария провела свои последние дни вместе со Св. Иоанном, одним из авторов Евангелия, находился рядом с Эфесом. В то же время Эфес был одной из семи церквей Азии, и здесь на Св. Иоанна спустилось божественное вдохновение. Готты сожгли и разрушили и Эфес, и Храм Артемиды в 262 г. Город никогда больше не вернул своей славы. Римский император Константин I построил баню, а Аркадий – дорогу, соединявшую порт с большим театром.

В 431 г. н.э. Третий Экуменистский Совет был собран в Церкви Девы Марии в Эфесе. Совет сверг Нестора и объявил Деву Марию Божьей Матерью.

Так как порт Эфеса был полностью засыпан почвой, принесенной рекой Кючюк Мендерес в начале Средних веков, Эфес уменьшился и утратил свой статус портового города и торгового центра. Во время захвата его сельджуками в 1090 г. это была небольшая деревня. Эфес был полностью оставлен после короткого периода расцвета в XIV в.